Phòng Tổ chức – Hành chính ra đời và phát triển cùng với sự phát triển của Phân hiệu Học viện Phụ nữ Việt Nam. Ban đầu Phòng chỉ có một số ít thành viên thực hiện công tác quản trị với tên gọi là Ban quản trị, bao gồm văn phòng, bảo vệ, y tế, nhà ăn… Sau khi miền Nam giải phóng, có tên là Tổ quản trị do bà Nguyễn Thị Trinh – Hiệu phó phụ trách. Từ năm 1980 đến năm 2003, Phòng Tổ chức – hành chính đã trải qua nhiều lần phân chia, hợp nhất và thay đổi tên gọi như Phòng Tổ chức cán bộ, Phòng Hành chính quản trị, Phòng Tổ chức – Hành chính – Đào tạo. Từ năm 2012, Phòng chính thức mang tên Phòng tổ chức – Hành chính do bà Đào Thị Tuyết Hạnh – Phó giám đốc Phân hiệu phụ trách, đến năm 2017 ông Nguyễn Quang Phong – Chuyên viên Phòng Tổ chức hành chính phụ trách.